本期推文跟人人共享的是曹雪涛院士（中国工程院院士、好意思国医学科学院院士、好意思国东说念主文与科学院院士、德国科学院院士、英国医学科学院院士、法国医学科学院院士、外洋欧亚科学院院士、欧洲分子生物学组织（EMBO）会士，永久从事感染免疫与炎症的基础参议、肿瘤免疫诊疗的应用参议）于本年10月14日-16日，3天内鸠合发表的3篇高水平著作。
01
2024年10月14日，中国医学科学院曹雪涛团队在Journal of Hematology & Oncology（IF=29.5）在线发表了题为“NPM1 inhibits tumoral antigen presentation to promote immune evasion and tumor progression”的参论说文。该参议发现核磷卵白NPM1通过扼制肿瘤抗原呈递和营造免疫扼制的肿瘤微环境（TME），在肿瘤免疫逃遁中施展要道作用。具体而言，NPM1扼制IRF1介导的Nlrc5和Ciita的转录，进而减少肿瘤细胞MHC-I和MHC-II分子的抒发，松开肿瘤的免疫原性。短缺NPM1的肿瘤施展出CD8+ T细胞和CD4+ T细胞的权贵浸润，随同免疫扼制性细胞的减少，阐明NPM1在免疫扼制性TME的酿成中具有首要作用。参议落幕揭示了NPM1算作肿瘤内在因子在TME重编程和免疫逃遁中的作用，指明了进步免疫诊疗后果的潜在靶点。
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02
紧接着，2024年10月16日，曹雪涛院士又团结中国医学科学院秦川以及昌平现实室任仙文等在 Cell Discovery 期刊同期发表了两篇参论说文。
该参议通过分析叙利亚仓鼠SARS-CoV-2感染模子，从严重肺炎到当然还原的两周内肺部的时空动态，揭示了SARS-CoV-2感染了多种细胞类型，并在早期阶段导致大量细胞去世，尤其是肺泡巨噬细胞。参议团队识别出一类Slamf9+巨噬细胞，这些细胞由单核细胞繁衍而来，在感染后被指挥产生，具有违背SARS-CoV-2引起的挫伤的才智。Slamf9+巨噬细胞大要包裹病毒，并招募和与Isg12+Cst7+中性粒细胞协同破除病毒。病毒破除后，Slamf9+巨噬细胞进一步分化为Trem2+和Fbp1+巨噬细胞，促进炎症的缓解，并最终补充肺泡巨噬细胞。这一发现通过SARS-CoV-2感染的hACE2小鼠模子考据，并在东说念主体尸检单细胞RNA测序数据中取得阐明，标明Slamf9+巨噬细胞过头与中性粒细胞的协同作用在组织挫伤竖立和炎症消退中施展首要作用。
03
免疫监视在抵抗外部病原体、督察组织齐备性中具关联键作用，尤其是在COVID-19等肺部传染病对全球健康组成强大要挟的情况下。尽管已有参议揭示了SARS-CoV-2感染中的免疫和病理机制，但由于样本类型限度及短缺高分手率的时空数据，现在对肺部免疫监视的空间调控、病毒破除、炎症治理及组织竖立的具体机制了解不及。基于此，组织方法的高分手率时空分析衔尾单细胞RNA测序(scRNA-seq)为揭示肺内免疫细胞动态重组提供了有劲器具，有助于深入分解肺部在抗病毒、炎症反应和组织竖立中的免疫机制。
本参议在SARS-CoV-2感染的叙利亚仓鼠模子中应用免疫制图时刻，衔尾高分手率法子，通过反卷积和共定位分析整合空间转录组学与单细胞RNA测序（scRNA-seq）。参议以25只仓鼠的142,965个细胞和45个肺叶为样本，绘画了从健康情状到感染、严重肺炎直至当然还原的肺部感染全进程的详细转录组图谱。
1. 仓鼠肺部在SARS-CoV-2感染前后的器官方法免疫图谱
为揭示SARS-CoV-2感染仓鼠肺部的动态进程，参议者愚弄免疫制图和空间转录组时刻绘画了感染前后肺部的细胞和分子图谱。在45个肺切片的5个时期点上（感染前、急性挫伤、急性免疫反应、病毒破除、竖立阶段）捕捉到时空变化，分析了单细胞RNA测序数据中的细胞亚群。落幕深远了特定细胞类型（如B细胞、T细胞、中性粒细胞）在感染后不同阶段的分散及动态，反馈了急性炎症和组织竖立的程度。这些数据为SARS-CoV-2感染和免疫反应机制提供了细致的时空图谱。
2. 肺泡DC-T免疫中心的免疫舆图揭示
为了整合Stereo-seq提供的空间信息和scRNA-seq提供的细胞信息，参议取舍了Redeconve算法进行细粒度的空间去卷积分析，考据了不同细胞亚群与已知组织学定位之间的高度一致性，额外是在SARS-CoV-2感染前后细胞时空形式的变化。通过衔尾这两种时刻，参议识别了11个细胞模块，发现模块3和5呈现淋助威构特征，且与肺泡中的上皮细胞和巨核细胞共定位。进一步分析揭示，DC-T免疫中心（由Ccr7Ido1树突状细胞、Cd160Cd8 T细胞和Tnfrsf4Cd4 T细胞组成）在SARS-CoV-2感染进程中隆重共定位，且通过趋化因子、共刺激因子和粘附分子与其他细胞类型（如ATI和巨核细胞）存在潜在的细胞间相互作用，可能促进免疫反应。
在生理条目下，肺组织中存在一种免疫中心，其中包括特定的免疫细胞类型，如CCR7 DCs、CD160 CD8 T细胞和TNFRSF4 CD4 T细胞。这些免疫细胞的比例在宽泛小鼠肺组织中很低（低于1%），但通过免疫荧光染色和流式细胞术取得了考据。此外，基于东说念主类非小细胞肺癌（NSCLC）和COVID-19患者肺部样本的scRNA-seq数据，参议发现CD160 CD8 T细胞在宽泛对照组中较为丰富，但在NSCLC患者和COVID-19患者中权贵减少，教唆CD160 CD8 T细胞的短缺可能与肺部疾病的发生（如肺癌和COVID-19）洽商。
3. 肺泡DC-T免疫中心对SARS-CoV-2感染的反应
在SARS-CoV-2感染时间，免疫中心在响应病毒时扩张，主要施展为CD160^+CD8 T细胞与多种免疫细胞（如CCR7^+IDO1 DCs、S100a9^+和SLAMF9^+巨噬细胞、CD38^+ cDC2等）在空间上的共定位，尤其在感染后的不同时间点（d2、d5、d7）施展出密切的动态关联。免疫中心的这种扩张通过配体-受体分析和Stereo-seq切片取得考据，深远出这些细胞径直参与病毒防护。此外，免疫荧光染色和大众scRNA-seq数据进一步撑抓了CCR7^+ DCs、CD160^+ CD8 T细胞和TNFRSF4^+ CD4 T细胞在SARS-CoV-2感染的肺部免疫反应中的首要作用。
4. 肺部Cd160 Cd8 T细胞的快速扩增以破除SARS-CoV-2感染
Cd160^+CD8^+ T细胞在SARS-CoV-2感染后施展出独到的时期和空间形式，感染第2天和第5天慢慢蕴蓄，第7天达到峰值，呈现出耗竭表型。与总T细胞不同，这些细胞高抒发颗粒酶基因，低抒发Sell，且高抒发Cd69和Itgae。它们与多种免疫细胞、肺泡上皮细胞等在肺部具有空间洽商性，尤其在感染后与特定类型的巨噬细胞和树突细胞的关联增强。通过scRNA-seq和Stereo-seq数据分析，发现Cd160^+CD8^+ T细胞与病毒RNA共定位，且在肺部局部深远细胞去世信号Casp3。这些细胞可能通过抒发特定配体-受体对，如Ccl5/Ccr5、Cxcl16/Cxcr6等，参与免疫细胞的趋化和粘附，标明它们在抗SARS-CoV-2的免疫反应中施展首要作用。
5. 感染晚期DC-T免疫中心的还原
在SARS-CoV-2感染后，第14天仓鼠肺中的病毒RNA实在隐藏，肺泡DC-T免疫中心（包含Ccr7^+Ido1^+树突细胞、Cd160^+CD8^+ T细胞和Tnfrsf4^+CD4^+ T细胞）还原到生理水平，同期免疫浸润和肺挫伤也取得缓解。感染早期，Cd160^+CD8^+ T细胞和Slamf9巨噬细胞数目马上加多，但在病毒破除后还原宽泛水平，标明它们在抗病毒反应中施展首要作用。这些落幕标明，基于Cd160^+CD8^+ T细胞的免疫中心能快速识别并响应SARS-CoV-2感染，与其他免疫细胞协同责任，有用破除病毒并还原免疫稳态。
综上，该参议通过免疫制图时刻，详备面目了仓鼠肺部多种免疫细胞的空间分散过头在SARS-CoV-2感染进程中的时空动态。参议发现，在生理条目下，肺泡DC-T免疫中心施展要道作用，其中Cd160^+CD8^+ T细胞在感染后的短短两天内马上响应，并与Slamf9巨噬细胞协同作用，共同破除病毒。这些落幕为深入分解肺部免疫监视机制和病毒破除提供了新的想法，并为往日传染病参议及抗病毒疗法的开拓提供了贵重的表面依据。通过衔尾Stereo-seq和scRNA-seq数据，参议为传染病免疫学限制提供了丰富的空间和时序性数据，具有首要的科学和应用价值。
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